（1）數據貯存和計算機控制系統
數據貯存采用列表排隊方式。利用計算機用多種圖形來表明各參數間的相互關系，以單參數直方圖，雙參數二維點圖，等高圖等方式顯示。數據分析一般設定正確的分析范圍，劃分計算區域和計算結果。
（2）流動系統
流動系統是流式細胞儀的心臟，因為細胞懸液在被檢測之前必須首先形成一個很細的穩流，細胞在其內部排成單列通過測量區。細胞懸液和鞘液分別（是分別還是同時）進入流動室，鞘液的作用是使樣品懸液中的粒子組成單一縱列方式通過測量區，保證每個細胞通過激光照射區的時間相等，從而得到準確的細胞熒光信息。
（3）激光系統
多采用氬離子激光器。使發射光在可見光譜范圍內488nm激發。目前市場上大多數熒光色素適用于此波長。激光的單色性好，功率高，穩定。
（4）光學和電子系統
激光束射至經流體力學聚焦的個別細胞和粒子后，光散射在各個方向(360°)發射。有兩個光散射參數需收集，前向角散射(FSC)主要用于檢測細胞體積的大小。另一為側向散射(SSC)用于檢測細胞膜，胞質，核膜等細胞內部結構及胞質內顆粒。
熒光信號是由對細胞進行染色的特異性熒光染料受到激光激發后發射的。熒光波長與激光波長不同，而且強度較弱，因此要使用光學濾片濾除非熒光信號并使用靈敏的檢測器。熒光測量時通常使用線性放大器（即放大器的輸出與輸入是線性關系），適用于較小范圍內變化的信號，如前向角散射和DNA測量。但有時需要對數放大器（即輸出與輸入是對數關系）。如果原來輸出為1，當輸入增加到原來的10倍時，輸出是2。BD_FACSCalibur流式細胞儀在免疫學檢測中常使用對數放大器，因為在免疫學的樣品中，可能有的細胞未被染色而僅有自發熒光，為陰性群體；被染上色的細胞特異性熒光可能比自發熒光強數倍到數十倍，為陽性群體。使用對數放大器可以同時分辨出亮度差異大的多個細胞亞群，容易選定不同亞群間的分界點，有利于流式細胞儀的分析和分選。
熒光信號的補償：當用一種激光束同時激發兩種染料發射出兩種不同波長的熒光時，兩種熒光發射光譜有一定的重迭，可用電補償減去不適合熒光通道測定的重迭信號。
（5）細胞分選系統
細胞分選可使被特定的細胞從細胞群體中分離出來。流式細胞儀所測定的任何參數都可以作為細胞分選依據，被選出來的細胞的均一性與所測參數有關。其工作原理是把液滴形成信號在壓電晶體上使之產生機械振動（不太通順），液柱斷裂成一連串均勻的液滴，一部分液滴中包有細胞，如果其特性與被選定要進行分選的細胞特性相符，則帶有特定的電荷。BD_FACSCalibur流式細胞儀帶有電荷的液滴向下落入偏轉板的高壓靜電場時，偏轉落入特定的收集器內，完成細胞分類收集的目的。
